Andoain está bien conectada con el resto del País Vasco y más allá, lo que la convierte en un destino de fácil acceso tanto para viajeros nacionales como internacionales. La ciudad se encuentra a solo 20 kilómetros del Aeropuerto de San Sebastián, que ofrece vuelos a varios destinos importantes de Europa. Además, Andoain cuenta con una estación de tren en la red de RENFE, que conecta la ciudad con San Sebastián, Bilbao y otras ciudades de la región.
Dentro de la ciudad, el transporte público es eficiente y accesible, con un sistema de autobuses que facilita los desplazamientos tanto en Andoain como a las localidades cercanas. Andoain es también una ciudad que se puede explorar fácilmente a pie, con la mayoría de sus principales atracciones a poca distancia. Además, el ciclismo es una opción popular, especialmente para quienes deseen descubrir los alrededores naturales de la región.