Oñate es fácilmente accesible por carretera, y su ubicación central en el País Vasco la convierte en un destino conveniente para los visitantes que vienen de ciudades cercanas. El aeropuerto más cercano es el Aeropuerto de Bilbao, ubicado a aproximadamente una hora en coche, que ofrece vuelos tanto nacionales como internacionales. San Sebastián es otra ciudad cercana con buenas conexiones de transporte, y la autopista A-1 conecta Oñate con el resto de España.
El transporte público dentro de la ciudad es eficiente, pero limitado, lo que refleja el pequeño tamaño de Oñate. Sin embargo, los servicios de autobús locales conectan Oñate con los pueblos y ciudades circundantes. Para aquellos que deseen explorar la región, se recomienda alquilar un coche, especialmente para acceder a rutas de senderismo remotas y parques naturales.
Una vez en la ciudad, Oñate es muy accesible a pie, con la mayoría de las atracciones situadas a poca distancia entre sí. Las bicicletas también son un modo de transporte popular, con pintorescos carriles bici que conectan la ciudad con las atracciones naturales cercanas.