La economía de Pájara depende principalmente del turismo, una de las principales fuentes de ingresos debido a su clima privilegiado y sus paisajes únicos. El turismo relacionado con deportes acuáticos como el windsurf y el kitesurf es especialmente popular debido a los vientos constantes que soplan en las playas de la región. Además, el sector de la hostelería está bien desarrollado, con una amplia oferta de hoteles, restaurantes y servicios turísticos que sostienen la economía local.
La agricultura sigue siendo una industria importante, con productos como los tomates, el aloe vera y el queso de cabra «Majorero», un queso que ha ganado denominación de origen y que es uno de los productos más emblemáticos de Fuerteventura. Estos productos locales no solo impulsan la economía, sino que también atraen a turistas interesados en el agroturismo y en la gastronomía local.
Aunque la pesca ha disminuido en los últimos años, sigue siendo una parte integral de la economía local, con mercados de pescado fresco que continúan ofreciendo productos del mar, especialmente para los restaurantes de la zona.