La historia de Pájara está profundamente conectada con la de Fuerteventura y las Islas Canarias en general. Fundada en el siglo XVI, Pájara comenzó como una pequeña comunidad agrícola y pesquera, pero con el tiempo, su relevancia aumentó debido a la importancia de estas actividades para la economía local. Durante la colonización española, la isla vio la influencia de varias culturas, y esto se refleja en la arquitectura y las tradiciones del municipio.
La cultura local se manifiesta en varios festivales importantes a lo largo del año, como la Fiesta de Nuestra Señora de Regla, donde los residentes participan en procesiones religiosas y celebraciones tradicionales. También se celebran eventos como las Fiestas de San Antonio y el Carnaval, donde se realizan coloridos desfiles que reflejan la rica herencia cultural de los isleños.
Un aspecto destacado de Pájara es la Iglesia de Nuestra Señora de Regla, famosa por su fachada única que presenta influencias indígenas mesoamericanas, una característica inusual en las Islas Canarias y que demuestra el crisol de influencias culturales que ha marcado la historia de esta región.