Históricamente, la economía de Palafrugell se basaba en la agricultura y la industria del corcho, siendo esta última un importante motor económico en los siglos XIX y XX. La ciudad fue un destacado productor de corchos para botellas de vino, exportando sus productos a nivel internacional. Aunque la industria del corcho ha disminuido, su legado sigue visible en el Museo del Corcho y en algunos pequeños negocios familiares.
En la actualidad, el turismo es la principal fuerza económica de Palafrugell, gracias a sus playas, festivales culturales y monumentos históricos. El sector de la hostelería está en auge, con numerosos hoteles, restaurantes y servicios que atienden al creciente número de visitantes. Además del turismo, los negocios locales producen aceite de oliva, vino y cerámica de alta calidad, productos que son apreciados tanto por los residentes como por los turistas.