San Fernando de Henares está muy bien conectada con el resto de España, lo que la convierte en un destino accesible tanto para visitantes nacionales como internacionales. La ciudad está situada a solo 14 kilómetros del Aeropuerto Adolfo Suárez Madrid-Barajas, el aeropuerto más importante de España, que ofrece vuelos directos a las principales ciudades del mundo. Desde el aeropuerto, los visitantes pueden llegar fácilmente a la ciudad en taxi, autobús o metro.
La ciudad también está integrada en el sistema de metro de Madrid, con la Línea 7 conectando directamente con el centro de Madrid. Además, la red de trenes de cercanías (Cercanías) mejora aún más la conectividad, facilitando el transporte hacia Madrid y otras ciudades cercanas. Para quienes prefieren viajar en coche, la ciudad está conectada a través de la autopista A-2, que va de Madrid a Zaragoza.
Dentro de San Fernando de Henares, el transporte público es eficiente y fácil de usar. Los autobuses urbanos circulan frecuentemente, conectando las principales áreas de la ciudad, mientras que los peatones pueden disfrutar de un entorno amigable, con amplias aceras y plazas públicas.