La economía de Santoña se basa principalmente en su industria marítima, siendo la pesca el pilar de su actividad económica. La ciudad es famosa por su producción de anchoas, capturadas localmente y procesadas para ser exportadas tanto a nivel nacional como internacional. La industria conservera de anchoas es clave, y varias fábricas locales ofrecen visitas guiadas, brindando a los turistas una experiencia única para conocer esta tradición centenaria.
Además de la pesca, el turismo está desempeñando un papel cada vez más importante en la economía de Santoña. La belleza natural de la ciudad, sus sitios históricos y sus atracciones gastronómicas han atraído a un número creciente de visitantes, especialmente en los meses de verano. Los turistas no solo vienen a disfrutar de las playas y del senderismo, sino también a conocer la combinación única de cultura, historia y gastronomía que ofrece Santoña.
Los negocios locales prosperan gracias a la producción artesanal y el turismo, con muchas tiendas que venden productos locales como mariscos, quesos y vinos. La economía local también se beneficia de la agricultura, con granjas cercanas que abastecen de productos frescos a los mercados y restaurantes de la ciudad.