Santoña es famosa en toda España por sus anchoas, consideradas unas de las mejores del país. Las anchoas de Santoña, apreciadas por su sabor delicado, se sirven a menudo en aceite de oliva o como parte de platos tradicionales de Cantabria. Los visitantes pueden disfrutar de mariscos frescos en los numerosos restaurantes de la ciudad, que suelen ofrecer platos como pescado a la parrilla, guisos de mariscos y calamares.
Otro plato típico de la zona son las «rabas», un aperitivo de calamares fritos muy popular en toda Cantabria. La proximidad de Santoña al mar y a las fértiles tierras de cultivo garantiza que la comida siempre sea fresca y sabrosa. Los quesos locales, como el famoso Queso de Tresviso, también juegan un papel importante en la gastronomía local, a menudo servidos con pan crujiente y vinos de la región.
La cultura gastronómica de Santoña se celebra en diversos festivales culinarios, como la Feria de la Anchoa y la Feria Alimentaria de Cantabria, donde los visitantes pueden degustar una amplia variedad de delicias regionales. Los mercados de la ciudad son un punto de visita obligada para los amantes de la comida, ofreciendo mariscos frescos, productos locales y productos artesanales.