L’économie d’Andújar repose historiquement sur l’agriculture, principalement l’oléiculture, avec une importante production d’huile d’olive. Les produits issus de la Sierra Morena (miel, charcuterie, viande de gibier) sont également très prisés.
La ville se distingue aussi par une tradition artisanale liée à la poterie et à la céramique, héritée de l’époque romaine. Le secteur industriel et logistique s’est développé ces dernières décennies, notamment autour du parc industriel et du corridor ferroviaire vers Madrid et Séville.
Le tourisme de nature, le tourisme religieux, et les événements culturels sont des piliers en pleine croissance, encouragés par les autorités locales à travers des investissements dans l’accueil, la signalétique patrimoniale et les activités écotouristiques.