Aranjuez est située dans le sud de la Communauté de Madrid, à environ 47 km de la capitale espagnole. Elle est implantée à la confluence de deux fleuves : le Tage et le Jarama, qui irriguent ses célèbres jardins et terres agricoles.
La ville est voisine de communes telles que Chinchón, Ocaña et Colmenar de Oreja, et se trouve non loin de la frontière avec la Castille-La Manche. Son paysage est plat, traversé par les rivières et parsemé de vergers, vignobles et espaces boisés.
Le climat est méditerranéen continental, avec des étés très chauds et secs et des hivers froids et modérément pluvieux. Les meilleures périodes pour visiter sont le printemps et l’automne, quand la nature est à son apogée dans les jardins royaux et que les températures permettent de profiter pleinement de l’extérieur.