L’économie de Las Cabezas de San Juan repose principalement sur l’agriculture. Les cultures dominantes sont les céréales, les oliviers, la vigne et les légumes, avec une production d’huile d’olive de grande qualité. L’agriculture biologique y est en pleine expansion, notamment dans le secteur viticole.
L’élevage de bétail, notamment bovin et porcin, complète l’activité agroalimentaire, tout comme l’industrie de transformation de produits agricoles. Plusieurs coopératives locales dynamisent le tissu rural et favorisent l’économie circulaire.
Le commerce de proximité, les services, les entreprises artisanales et le tourisme rural contribuent également à l’économie de la ville. Les marchés hebdomadaires et les foires agricoles attirent les habitants des communes voisines.
De plus, la municipalité soutient les jeunes entrepreneurs à travers des programmes d’incubation et de formation dans les domaines de la gastronomie, du tourisme et de l’artisanat.