Andújar est bien connectée par route grâce à l’autoroute A-4 (Madrid-Séville), ce qui en fait une étape naturelle entre la Castille et l’Andalousie occidentale. Elle se trouve à environ 90 minutes de Cordoue, 1h30 de Séville et 2h30 de Madrid.
La ville possède une gare ferroviaire desservie par des trains régionaux et de moyenne distance. Des lignes de bus régulières relient Andújar aux villes voisines comme Jaén, Bailén, Linares ou Cordoue.
La mobilité interne est simple et agréable. Le centre-ville est facilement accessible à pied, avec de nombreuses rues piétonnes, tandis que le parc naturel est desservi par des routes panoramiques. Des services de taxi et d’autocar sont disponibles pour les déplacements vers le sanctuaire ou les villages environnants.