Galapagar est très bien desservie par les transports publics. La commune possède une gare ferroviaire à La Navata, desservie par les trains de la ligne Cercanías C-3A, qui permettent de rejoindre Madrid en moins de 40 minutes. Cette connexion est très appréciée des visiteurs et des résidents.
Des lignes de bus interurbains relient également Galapagar aux communes voisines et à la capitale, avec une fréquence adaptée, notamment en heures de pointe. En voiture, la ville est accessible par la M-505 ou la M-510, routes bien entretenues qui traversent de beaux paysages.
À l’intérieur de la commune, les déplacements à pied ou à vélo sont agréables grâce à la taille humaine de la ville et à la présence d’espaces verts. Des projets de mobilité durable sont en cours pour améliorer l’accessibilité et réduire l’usage de la voiture en centre-ville.