Moguer est accessible par route via la N-442 et l’A-494, et se trouve à seulement 10 minutes en voiture de Huelva, grande ville andalouse disposant d’une gare ferroviaire importante. De là, des trains relient Séville et d’autres villes majeures d’Espagne.
L’aéroport international le plus proche est Séville San Pablo, à environ 1h15 de route. Des services de bus interurbains assurent la liaison avec Huelva et les communes voisines. En ville, le centre étant relativement compact, la majorité des déplacements peuvent se faire à pied.
Pour les visiteurs et les organisateurs d’événements, la proximité de l’autoroute A-49 garantit un accès rapide à l’ensemble du réseau andalou et à la frontière portugaise. La ville dispose également d’un bon maillage de taxis et d’aires de stationnement.