Palafrugell est accessible par route depuis Gérone (45 km) et Barcelone (130 km). L’aéroport de Gérone-Costa Brava, à moins d’une heure, propose des vols réguliers vers plusieurs villes européennes, tandis que Barcelone-El Prat assure des connexions internationales plus fréquentes.
Il n’y a pas de gare ferroviaire directe à Palafrugell, mais des liaisons en bus régulières depuis les gares de Flaçà ou Caldes de Malavella permettent de rejoindre la ville facilement. Des lignes de bus locales connectent Palafrugell à ses villages côtiers et aux communes voisines.
La ville elle-même est agréable à parcourir à pied ou à vélo. Les zones côtières disposent de parkings, et les transports publics facilitent les déplacements, même en haute saison touristique. Plusieurs compagnies proposent également des transferts privés et des excursions organisées.