Portugalete est extrêmement bien desservie par les transports publics. Elle est reliée à Bilbao par le métro (ligne 2), avec plusieurs stations dans la commune. Le train de banlieue Renfe Cercanías permet également un accès rapide à d’autres villes de la région comme Santurtzi ou Barakaldo.
La ville est également connectée au réseau de bus interurbains, et elle se trouve à seulement 20 minutes de l’aéroport international de Bilbao, ce qui en fait une destination très accessible pour les visiteurs internationaux. Le pont transbordeur relie aussi Portugalete à Getxo, accessible à pied, à vélo ou en voiture.
La mobilité douce est favorisée : pistes cyclables, ascenseurs publics, escaliers mécaniques en plein air et promenades piétonnes permettent de circuler confortablement malgré le relief de la ville. Des parkings publics sont disponibles pour les visiteurs motorisés.