El Puerto de Santa María est bien desservie par différents modes de transport. Elle dispose d’une gare ferroviaire avec des trains réguliers vers Cadix, Jerez, Séville et Madrid (via correspondance), intégrée au réseau Renfe.
L’aéroport international de Jerez de la Frontera se trouve à seulement 25 minutes en voiture. L’aéroport de Séville est à 1h10, et celui de Malaga à environ 2 heures.
Des lignes de bus interurbains relient El Puerto aux villes voisines, et un service de catamaran relie la ville au centre de Cadix via la baie, offrant un trajet pittoresque apprécié par les touristes.
La ville est aussi dotée d’un bon réseau de transport urbain (bus), de pistes cyclables et de nombreuses zones piétonnes, facilitant les déplacements dans le centre-ville et vers les plages.