L’économie de San Fernando repose principalement sur les secteurs des services, de l’industrie navale et du tourisme. La présence de l’Arsenal de La Carraca, un important chantier naval militaire, contribue significativement à l’activité économique locale .
Le tourisme joue également un rôle crucial, avec des visiteurs attirés par le patrimoine historique, les plages et les festivals culturels. La ville développe des initiatives pour promouvoir un tourisme durable, mettant en valeur ses ressources naturelles et culturelles.
L’agriculture, notamment la production de sel dans les marais salants environnants, constitue une autre composante de l’économie locale, avec des produits de qualité exportés dans toute la région.