L’économie de Fernán-Núñez repose principalement sur l’agriculture, en particulier la culture de l’olivier, des céréales et de la vigne. L’huile d’olive produite localement est reconnue pour sa qualité et exportée dans de nombreuses régions d’Espagne et à l’étranger.
L’industrie agroalimentaire, les petites entreprises artisanales et les services jouent également un rôle important dans l’économie locale. Les caves à vin de la région participent à une tradition viticole bien établie.
Ces dernières années, un intérêt croissant pour le tourisme rural et culturel a encouragé la diversification économique, avec l’ouverture de logements touristiques, de restaurants et d’espaces événementiels.