Fernán-Núñez est facilement accessible par la route via l’A-45, qui relie Cordoue à Malaga. Cela permet une connexion rapide aux grandes villes andalouses et aux aéroports internationaux de Séville et Malaga.
Des services réguliers de bus relient la ville à Cordoue et aux localités environnantes. La gare la plus proche se trouve à Montilla ou à Cordoue, d’où partent des trains à grande vitesse vers Madrid, Séville ou Grenade.
La ville elle-même est bien aménagée pour la circulation à pied ou à vélo, avec un centre urbain compact et des infrastructures modernes. Des parkings publics et des arrêts de bus facilitent les déplacements internes.