Fernán-Núñez se trouve au sud de la ville de Cordoue, à environ 30 kilomètres de cette capitale provinciale, dans la vallée fertile du Guadalquivir. Cette position centrale dans la région permet un accès facile aux autres grandes villes andalouses comme Séville, Malaga ou Grenade.
Nichée dans une région vallonnée propice à l’agriculture, la ville est entourée de campagnes verdoyantes et de champs d’oliviers. Le paysage est typiquement méditerranéen, avec de douces collines et des routes pittoresques menant à de nombreux petits villages blancs.
Le climat est de type méditerranéen continental, avec des étés chauds et secs pouvant dépasser les 35 °C et des hivers doux. Les meilleures périodes pour visiter Fernán-Núñez sont le printemps (mars à juin) et l’automne (septembre à novembre), lorsque les températures sont agréables et la nature verdoyante.