Puente Genil est bien desservie par les transports. La gare de Puente Genil-Herrera, située à environ 4 km du centre-ville, est reliée au réseau de trains à grande vitesse (AVE), offrant des connexions rapides vers Madrid, Málaga et Séville.
Des services de bus réguliers relient la ville aux localités voisines et aux principales villes andalouses. À l’intérieur de la ville, les déplacements sont facilités par un réseau de transports en commun efficace et des infrastructures adaptées aux piétons et aux cyclistes.
Pour les voyageurs internationaux, les aéroports de Málaga et de Séville, situés à environ 100 km, offrent des vols vers de nombreuses destinations européennes.