Aljaraque est bien desservie par les transports, avec des connexions routières et ferroviaires facilitant l’accès à la ville. La route A-492 relie Aljaraque à Huelva, permettant un accès rapide en voiture ou en bus. Des lignes de bus régulières assurent également la liaison entre Aljaraque et les villes voisines.
La gare de Corrales, située dans le quartier du même nom, offre des services ferroviaires vers Huelva et d’autres destinations régionales. L’aéroport le plus proche est celui de Séville, à environ 100 km, offrant des vols nationaux et internationaux.
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La ville dispose d’un réseau de transports en commun efficace, avec des lignes de bus desservant les différents quartiers et facilitant les déplacements des résidents et des visiteurs.