Ayamonte est accessible par la route via l’autoroute A-49, reliant la ville à Huelva et à Séville. Des services de bus réguliers assurent la liaison avec les principales villes de la région. La ville est également reliée au Portugal par un pont international et un service de ferry traversant le fleuve Guadiana.
Les aéroports les plus proches sont ceux de Faro au Portugal (environ 70 km) et de Séville (environ 140 km), offrant des vols nationaux et internationaux.
Une fois sur place, les visiteurs peuvent se déplacer facilement à pied ou en vélo, notamment dans les zones naturelles protégées et les plages. Des services de taxi et de bus urbains sont également disponibles pour faciliter les déplacements.