Lepe est très bien connectée par la route nationale N-431 et l’autoroute A-49, qui relient Huelva à Séville et au Portugal. Cette proximité avec la frontière portugaise permet d’attirer un tourisme transfrontalier important, notamment depuis Faro.
La gare ferroviaire la plus proche est à Huelva (environ 30 minutes), mais un projet de liaison rapide est à l’étude pour améliorer la desserte ferroviaire directe. Des lignes de bus régulières assurent la liaison avec les principales villes andalouses, ainsi que vers les plages environnantes.
Dans la ville elle-même, les déplacements sont simples. Un réseau de taxis, des pistes cyclables, et des zones piétonnes facilitent la mobilité des résidents comme des visiteurs. La plupart des lieux touristiques et des hébergements sont facilement accessibles à pied.