L’économie de Moguer repose principalement sur l’agriculture, avec une spécialisation dans la culture des fruits rouges – fraises, framboises, myrtilles – destinés en grande partie à l’exportation. Cette production fait de Moguer un acteur agricole majeur à l’échelle européenne.
Le tourisme culturel et littéraire connaît un développement croissant, porté par la renommée de Juan Ramón Jiménez et les circuits thématiques autour de la littérature et de l’histoire des découvertes. Le tourisme rural est également en plein essor, avec une offre variée d’hébergements dans les environs.
Des petites industries agroalimentaires, des coopératives agricoles et des entreprises familiales complètent le tissu économique local. La ville s’efforce par ailleurs de promouvoir l’innovation agricole, les énergies renouvelables et la préservation de l’environnement.