L’économie de San Juan del Puerto repose principalement sur l’agriculture et la logistique, du fait de sa situation stratégique entre les grands axes de communication, le fleuve et les terres fertiles. La culture des agrumes, des fruits rouges et des légumes constitue une part importante de l’activité locale.
La ville possède également une zone industrielle active, avec des entreprises liées à l’agroalimentaire, à la transformation des produits agricoles, et à la logistique. Grâce à sa proximité avec le port de Huelva, San Juan joue un rôle essentiel dans le transport de marchandises.
Le secteur des services (commerces, restauration, artisanat) est en croissance, soutenu par une politique municipale de soutien à l’entrepreneuriat local. San Juan cherche aussi à renforcer son attractivité touristique grâce à la mise en valeur de son patrimoine historique et naturel.