San Juan del Puerto est très bien desservie. Elle se situe le long de la route nationale N-435 et à proximité immédiate de l’autoroute A-49, qui relie Huelva à Séville et au Portugal. Cela permet un accès rapide aux grandes villes et aux aéroports régionaux.
La ville dispose d’une gare ferroviaire sur la ligne Huelva-Séville, ce qui facilite les déplacements en train. Des lignes de bus interurbains relient San Juan aux localités voisines, à Huelva et aux stations côtières comme Mazagón.
La mobilité intra-urbaine est simple : la ville est facilement parcourue à pied ou à vélo, et elle dispose de parkings gratuits. Des taxis locaux assurent les déplacements vers les zones rurales ou les événements spécifiques.