San Juan del Puerto se situe dans le sud-ouest de l’Espagne, dans la province de Huelva, au cœur de l’Andalousie occidentale. La ville est implantée sur la rive gauche du fleuve Tinto, entre les marais de l’Odiel et les terres agricoles intérieures. Elle se trouve à seulement 12 km de Huelva et à environ 95 km de Séville.
Son emplacement en zone de plaine fertile, à proximité immédiate de la côte atlantique, lui permet de bénéficier d’un cadre naturel exceptionnel, mêlant agriculture, fleuve et réserve naturelle. Les plages de Mazagón et les forêts du Parc naturel de Doñana sont facilement accessibles.
Le climat est méditerranéen avec influence atlantique, caractérisé par des étés longs, secs et ensoleillés, ainsi que des hivers doux. Les meilleures périodes pour visiter sont le printemps et l’automne, lorsque les paysages sont verdoyants et que les festivités locales battent leur plein.