Jaén est accessible par route via l’autoroute A-44, qui relie la ville à Grenade et à Bailén (jonction avec l’A-4 vers Madrid et Séville). Elle dispose aussi d’une gare ferroviaire, avec des liaisons vers Madrid, Cordoue et Linares-Baeza, bien que les services à grande vitesse soient limités.
Des lignes d’autobus régulières permettent de rejoindre les autres villes andalouses et les villages environnants. L’aéroport le plus proche est celui de Grenade-Jaén, situé à environ 90 km.
La ville possède un réseau de bus urbain efficace, et le centre est aisément accessible à pied. Le projet de tramway de Jaén, bien qu’à l’arrêt depuis plusieurs années, pourrait prochainement être relancé.