San Juan de Aznalfarache est très bien connectée au reste de la province grâce à son intégration dans le réseau métropolitain de Séville. Deux stations de métro (San Juan Alto et San Juan Bajo) permettent d’accéder en moins de 10 minutes au centre de Séville.
Des lignes de bus interurbains complètent cette accessibilité, tout comme un bon réseau routier (A-49, SE-30) reliant la ville aux autres localités du Aljarafe.
La ville est accessible depuis l’aéroport de Séville (à 25 minutes en voiture) et dispose d’un service de taxis efficace.
La mobilité intra-urbaine est facilitée par des zones piétonnes, des pistes cyclables et des transports publics. Des projets de mobilité durable sont en cours de développement.