Bermeo est facilement accessible depuis Bilbao, grâce à une ligne directe de train (Euskotren) qui relie les deux villes en un peu plus d’une heure. Des lignes de bus régulières permettent également de relier Bermeo à Gernika, Mundaka, et d’autres localités voisines de la côte basque.
En voiture, la ville est accessible par la route BI-631. L’aéroport international de Bilbao se trouve à environ 30 km, ce qui permet une arrivée rapide pour les visiteurs étrangers. Depuis l’aéroport, des services de transfert et de location de voiture sont disponibles.
À l’intérieur de Bermeo, la ville se parcourt aisément à pied. Des sentiers de randonnée relient également Bermeo à des villages voisins comme Mundaka ou Bakio. C’est un atout pour les amateurs de slow tourism et de mobilité douce.