San Sebastián de la Gomera est accessible principalement par mer et par air. L’aéroport de La Gomera, situé à environ 30 minutes en voiture, relie l’île à Tenerife et à d’autres îles des Canaries. Des vols réguliers depuis l’Aéroport de Tenerife Sud permettent d’atteindre l’île facilement.
La ville est également bien reliée à Tenerife par un service de ferries réguliers, qui permet aux visiteurs de se rendre rapidement à Santa Cruz de Tenerife en traversant le canal de La Gomera. Le port de San Sebastián est un centre d’échanges important pour les voyageurs inter-îles.
La ville elle-même est assez petite, ce qui la rend facile à explorer à pied. Des taxis et des bus locaux sont disponibles pour se déplacer à travers la ville et vers les principales attractions naturelles et culturelles de l’île.