Castelló d’Empúries est facilement accessible par la route. Elle est reliée à l’autoroute AP-7 via la sortie Figueres, à environ 20 minutes en voiture. Gérone se trouve à 40 minutes, Barcelone à environ 1h30, et la frontière française à seulement 45 minutes, ce qui facilite l’accès pour les visiteurs venus du sud de la France.
L’aéroport de Gérone-Costa Brava, avec des liaisons européennes saisonnières, est le plus proche (environ 50 km). L’aéroport international de Barcelone-El Prat est accessible pour des vols long-courriers. Figueres dispose d’une gare ferroviaire AVE (TGV), bien connectée à Castelló via bus ou voiture.
La commune est également dotée d’un bon réseau de bus interurbains et de pistes cyclables. À Empuriabrava, les canaux permettent de circuler en bateau, une particularité unique dans toute l’Espagne. La ville mise également sur la mobilité durable, avec des parkings, zones piétonnes et circuits verts.