Mérida bénéficie d’une bonne accessibilité régionale et nationale. Elle est située sur l’autoroute A-5 (Madrid–Badajoz–Lisbonne), ce qui permet un accès rapide en voiture. Elle est également reliée par l’autoroute A-66 vers le nord (Salamanque) et le sud (Séville).
La ville dispose d’une gare ferroviaire desservie par des trains régionaux et longue distance vers Madrid, Badajoz, Séville et Cáceres. Le projet de ligne à grande vitesse (AVE) en cours de développement renforcera prochainement ces liaisons.
L’aéroport le plus proche est celui de Badajoz (à environ 50 km), proposant des liaisons vers Madrid, Barcelone et d’autres villes. Lisbonne et Séville sont également des options viables pour les vols internationaux.
Au sein de la ville, les déplacements sont facilités par un réseau de bus urbain, des taxis, ainsi que de nombreuses zones piétonnes et pistes cyclables, rendant la visite agréable et fluide.