Zafra est facilement accessible par la route, notamment via l’autoroute A-66 (Séville – Salamanque). Elle dispose également d’une gare ferroviaire desservie par des trains régionaux, reliant notamment Mérida, Badajoz et Séville.
Pour les voyageurs internationaux, les aéroports les plus proches sont ceux de Badajoz (à environ 70 km) et de Séville (à 140 km), tous deux accessibles en voiture ou en bus. Des lignes d’autocar régionales desservent aussi Zafra depuis différentes villes espagnoles.
En ville, la circulation est fluide et la plupart des attractions sont accessibles à pied. Zafra dispose également d’un petit réseau de bus urbains et d’aires de stationnement à proximité du centre historique.