Zafra est située dans le sud de la région d’Estrémadure, dans la province de Badajoz, à environ 60 km au sud de Mérida et 140 km de Séville. Il s’agit d’une ville intérieure, nichée au pied des contreforts de la Sierra de Castellar, une chaîne de collines douces qui donnent à la région un relief vallonné et verdoyant.
La ville bénéficie d’une excellente accessibilité routière grâce à l’autoroute A-66, aussi appelée la « Ruta de la Plata », qui relie Séville au nord de l’Espagne. Elle est également proche du fleuve Guadiana, qui traverse la province de Badajoz et joue un rôle important dans l’économie et l’agriculture locales.
Le climat à Zafra est méditerranéen continentalisé. Les étés y sont chauds et secs, avec des températures pouvant dépasser les 35°C, tandis que les hivers sont doux et plus humides. Les meilleures périodes pour visiter la ville sont le printemps (avril-mai) et l’automne (septembre-octobre), lorsque le climat est agréable et que la ville organise plusieurs de ses événements culturels majeurs.