L’économie de Bayona est fortement liée au tourisme, qui constitue le principal moteur économique de la ville. Grâce à ses attraits naturels, son patrimoine et son climat doux, elle attire chaque année des dizaines de milliers de visiteurs nationaux et internationaux, notamment en été.
La pêche et l’aquaculture jouent aussi un rôle important, fournissant des produits frais à la gastronomie locale. Le port de plaisance de Bayona est également un centre névralgique pour la navigation de loisir et les compétitions nautiques, telles que la célèbre Regata Príncipe de Asturias.
Des secteurs connexes comme l’hôtellerie, la restauration, l’artisanat local et le commerce de détail profitent de ce dynamisme. La municipalité soutient aussi des initiatives entrepreneuriales dans le domaine du tourisme durable et de la protection de l’environnement marin.