Alcalá est particulièrement bien desservie. Elle se trouve à 35 km à l’est de Madrid, accessible en train de banlieue (Cercanías C-2 et C-7) en 40 minutes depuis la gare d’Atocha. Elle est également reliée par autoroute (A-2) et de nombreuses lignes de bus interurbains.
L’aéroport Adolfo Suárez Madrid-Barajas est à moins de 20 minutes en voiture, facilitant l’arrivée de visiteurs internationaux. La ville bénéficie aussi de bons services de taxi, de location de voiture et de liaisons cyclables.
Le centre-ville est largement piétonnier, et un réseau de bus urbains dessert les quartiers résidentiels, les campus universitaires et les zones commerciales. Cela rend les déplacements dans la ville à la fois simples, rapides et écologiques.