Alcalá de Henares se situe dans la partie est de la Communauté de Madrid, dans la vallée du fleuve Henares, qui traverse la ville. Cette position stratégique entre Madrid et Guadalajara lui offre un accès facile aux principales voies de communication du centre de l’Espagne.
La ville est proche d’importants pôles urbains comme Madrid, Torrejón de Ardoz et Guadalajara, ainsi que de l’aéroport international Adolfo Suárez Madrid-Barajas, situé à environ 20 minutes en voiture. Le fleuve Henares, les plaines et collines environnantes offrent un cadre naturel attrayant pour la randonnée et les loisirs.
Le climat est méditerranéen continental, avec des étés chauds et secs et des hivers froids. Les mois les plus agréables pour visiter la ville sont avril à juin et septembre à octobre, lorsque les températures sont douces et les activités culturelles abondantes.