El Escorial est bien desservie par les transports. Depuis Madrid, il est possible de prendre un train de banlieue (Cercanías C-3 ou C-8) qui relie directement la ville en environ 50 minutes. Des lignes de bus interurbains assurent également des liaisons régulières depuis la capitale et les villes voisines.
En voiture, El Escorial est accessible via l’autoroute A-6, puis par les routes M-505 ou M-600. Le stationnement est facilité par plusieurs parkings publics à l’entrée de la ville, ce qui permet de visiter le centre historique à pied.
Sur place, la ville se parcourt facilement à pied, et des taxis ou minibus municipaux sont disponibles. Sa configuration compacte permet de circuler sans difficulté entre les sites culturels, les hôtels et les restaurants.