El Molar est facilement accessible par l’autoroute A-1 (Madrid – Burgos), ce qui en fait une destination pratique pour ceux venant de la capitale ou du nord de l’Espagne. Le trajet en voiture depuis Madrid prend environ 30 à 40 minutes.
La ville est également desservie par des lignes de bus interurbains (notamment depuis la station Plaza de Castilla à Madrid), ce qui permet de s’y rendre sans véhicule personnel. Ces bus sont fréquents, en particulier aux heures de pointe.
À l’intérieur de la commune, tout est facilement accessible à pied. Il existe également des services de taxi locaux et un réseau de chemins ruraux pour la mobilité douce (marche, vélo). La taille modeste d’El Molar permet une circulation fluide et agréable.