Fuenlabrada est très bien connectée à Madrid et aux autres villes de la région grâce à un excellent réseau de transports en commun. La ligne C-5 des Cercanías relie la ville à la capitale en 20 à 30 minutes. La ville est aussi desservie par la ligne 12 du métro (Metrosur), qui permet de rejoindre rapidement Leganés, Alcorcón et Getafe.
Plusieurs lignes de bus interurbains et urbains assurent des liaisons fréquentes dans toute la commune et vers Madrid. Pour les automobilistes, l’accès est facile via les autoroutes M-50, A-42 et M-506.
À l’intérieur de la ville, les déplacements sont facilités par un réseau piéton développé, des pistes cyclables, et un système de transport inclusif. Fuenlabrada mise aussi sur la mobilité durable avec des initiatives pour promouvoir l’usage du vélo et des transports publics.