San Agustín de Guadalix est située dans le nord de la province de Madrid, à environ 35 km du centre de la capitale. Elle se trouve en lisière de la Sierra de Guadarrama et est traversée par la rivière Guadalix, d’où elle tire son nom. Cette position en fait une porte d’entrée idéale vers les montagnes tout en étant connectée aux grandes infrastructures de Madrid.
La proximité avec d’autres communes comme Alcobendas, Colmenar Viejo et San Sebastián de los Reyes permet une intégration facile dans la dynamique métropolitaine. De nombreux sentiers relient San Agustín à des sites naturels d’exception, tels que le parc régional de la Cuenca Alta del Manzanares.
Le climat est méditerranéen à influence continentale : les étés sont chauds mais supportables grâce à l’altitude (environ 750 mètres), et les hivers peuvent être froids avec quelques épisodes de neige. Les meilleures saisons pour visiter sont le printemps et l’automne, lorsque la nature est à son apogée et que les événements locaux se multiplient.