San Fernando de Henares possède un passé industriel encore visible dans ses zones d’activité économique. Aujourd’hui, la ville s’appuie principalement sur les secteurs des services, de la logistique, du commerce et des activités industrielles légères. Sa situation à proximité immédiate de l’aéroport de Madrid en fait un point stratégique pour les entreprises de transport et de distribution.
La zone industrielle Polígono Puerta de Madrid accueille de nombreuses entreprises logistiques et manufacturières. Le commerce de proximité est également très vivant, avec des marchés municipaux, des galeries commerciales et des commerces familiaux.
Le secteur culturel contribue aussi à l’économie locale, notamment à travers les initiatives artistiques, les événements municipaux et le soutien aux créateurs. Enfin, San Fernando développe le tourisme patrimonial et l’événementiel à petite échelle, misant sur son héritage royal et son ambiance conviviale.