San Fernando de Henares est très bien connectée à l’ensemble de la région de Madrid. Elle est desservie par la ligne 7 du métro de Madrid, avec plusieurs stations sur son territoire, facilitant l’accès rapide au centre-ville de la capitale. La ligne C-2 de Cercanías (train de banlieue) dessert également la ville.
La proximité de l’autoroute A-2 (Madrid-Zaragoza) permet une connexion directe vers Madrid, Alcalá de Henares et Guadalajara. L’aéroport international Adolfo Suárez Madrid-Barajas est situé à moins de 10 minutes en voiture, ce qui constitue un avantage considérable pour les visiteurs et les professionnels.
La ville possède un réseau de bus urbains et interurbains bien développé, ainsi que des infrastructures adaptées aux cyclistes et piétons. La mobilité douce est encouragée par la création de pistes cyclables et de zones de circulation restreinte dans le centre-ville.