San Fernando de Henares se situe dans la zone est de la Communauté de Madrid, à environ 15 km du centre de la capitale espagnole. Elle est localisée sur les rives de la rivière Henares, ce qui lui confère un environnement naturel agréable, avec des espaces verts et des corridors fluviaux protégés.
La ville est entourée de communes importantes telles que Coslada, Torrejón de Ardoz, Alcalá de Henares et Madrid elle-même. Sa position stratégique au croisement de grands axes routiers et ferroviaires, ainsi que sa proximité immédiate de l’aéroport international de Madrid-Barajas, en font un lieu idéal pour les échanges et déplacements.
Le climat est de type méditerranéen continental, avec des étés chauds et secs, et des hivers modérément froids. Le printemps et l’automne offrent des températures plus douces, idéales pour visiter la ville ou organiser des événements en extérieur dans ses nombreux parcs.