San Sebastián de los Reyes bénéficie d’une excellente accessibilité. Elle est reliée à Madrid par la ligne C-4 du Cercanías (train de banlieue), avec plusieurs stations (notamment Alcobendas-S.S. de los Reyes et Reyes Católicos). Elle est également desservie par le métro ligne 10 (station Hospital Infanta Sofía), qui la relie directement au centre de Madrid.
La ville est à proximité immédiate de l’autoroute A-1, qui relie Madrid à Burgos et au nord de l’Espagne. Plusieurs lignes de bus interurbains relient Sanse à différents points de la capitale, ainsi qu’aux communes environnantes.
En matière de mobilité interne, la ville est bien pourvue en pistes cyclables, transports municipaux et zones piétonnes, facilitant les déplacements écologiques. Le réseau routier est bien entretenu, avec des parkings modernes et des services pour les visiteurs.