Niché à l’embouchure de la rivière Asón, Colindres forme la ría de Limpias, intégrée à la réserve naturelle des marais de Santoña, Victoria et Joyel, la plus importante d’Espagne
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. Sa position à 10 m d’altitude et son étendue compacte (6 km²) en font un lieu à la fois accessible et riche en reliefs (jusqu’à 281 m).
La ville est très bien desservie – à 30 min de Bilbao, 45 min de Santander – par l’autoroute A‑8. Les paysages mêlent eau, estuaires, montagnes douces et zones agricoles. Le climat océanique apporte des hivers doux, des étés frais et brumeux mais ensoleillés. Le meilleur moment pour visiter est de juin à septembre, en profitant du temps sec, des festivals et des balades en plein air.