L’économie de Santoña est historiquement et toujours aujourd’hui centrée sur la pêche et la transformation du poisson. La ville est surtout renommée pour sa production d’anchois en conserve, un produit d’appellation protégée, exporté dans le monde entier. De nombreuses conserveries artisanales perpétuent cette tradition avec des techniques manuelles très spécifiques.
Le tourisme, en particulier le tourisme durable, prend une place croissante dans l’économie locale. Grâce à son patrimoine naturel, ses plages et son histoire, la ville attire les voyageurs en quête d’authenticité et d’activités de plein air. L’essor des sports nautiques et de la randonnée stimule également les secteurs de l’hôtellerie, de la restauration et du commerce local.
L’artisanat local, notamment la confection de produits liés à la mer, les objets en bois flotté ou les articles textiles marins, contribue à l’attractivité commerciale de la ville. Des marchés artisanaux saisonniers dynamisent l’économie pendant la période estivale.